مجلس داراى كميسيون‏هاى خاص شامل كميسيون‌هاي مشترك، ويژه، تلفيق، تحقيق، تدوين آيين‏نامه داخلى مجلس، اصل نودم (90) قانون اساسي، و كميسيون‏هاى تخصصى با محدوده وظايف مشخص به‏شرح مواد اين آيين‏نامه خواهد بود. تعداد اعضاي كميسيون تحقيق و كميسيون تدوين آيين‏نامه داخلى مجلس هر كدام پانزده نفر و اعضاي ثابت كميسيون اصل نودم(90) قانون اساسي و تعداد اعضاي كميسيون‌هاي تخصصي و نيز نفرات عضو با رعايت مواد اين آيين‌نامه و رأي اكثريت نسبي اعضاي جلسه مشترك هيأت رئيسه و رؤساي شعب تعيين مي‌شود و تعداد اعضاي كميسيون‌هاي مشترك، ويژه و تلفيق طبق مواد اين آيين‌نامه تعيين مي‌شوند.

تبصره- تعيين مصاديق و تهيه شرح وظايف و اختيارات كميسيون‌ها با رعايت كليت آيين‌نامه داخلي مجلس شوراي اسلامي توسط هيأت رئيسه مجلس يا هريك از كميسيون‌ها و يا حداقل پنجاه‌نفر از نمايندگان پيشنهاد مي‌شود و پس از تصويب در جلسه مشترك هيأت رئيسه مجلس، اعضاي كميسيون تدوين آيين‌نامه داخلي و رؤساي كميسيون‌هاي تخصصي اجراء مي‌شود.

جلسه مشترك فوق‌الذكر به رياست رئيس يا يكي از نواب رئيس مجلس و با حضور حداقل دوسوم اعضاء رسميت مي‌يابد و مصوبات آن با رأي حداقل دوسوم اعضاي حاضر معتبر خواهد بود و مصوبات به اطلاع نمايندگان خواهد رسيد.

كميسيون‌هاي خاص

1) كميسيون مشترك: درمورد طرحها و لوايحى كه به تشخيص هيأت رئيسه به دو يا چند كميسيون ارتباط اساسى داشته باشد، كميسيون مشترك تشكيل مى‏گردد. تعداد اعضاي كميسيون مشترك بيست وسه نفر مي‌باشد. تعيين سهم هر كميسيون به‌وسيله هيأت‌رئيسه مجلس و انتخاب آنان توسط كميسيون ذي‌ربط مي‌باشد. كميسيون مشترك در انتخاب هيأت رئيسه و ارائه گزارش و ساير مقررات مانند ديگر كميسيون‏ها اقدام مى‏نمايد.

2) كميسيون ويژه: در مسائل مهم و استثنائى كه براى كشور پيش مى‏آيد و دراين خصوص تشكيل كميسيون ويژه‏اى براى رسيدگى و تهيه گزارش ضرورت پيدا مى‏كند، به پيشنهاد حداقل پانزده نفر از نمايندگان و تصويب مجلس، اين كميسيون تشكيل مى‏شود. اعضاى كميسيون ويژه كه پانزده نفر خواهند بود، مستقيما در جلسه علنى توسط نمايندگان با رأى مخفى و اكثريت نسبى انتخاب خواهند شد. هيأت رئيسه كميسيون ويژه همانند ديگر كميسيون‏ها انتخاب خواهد شد.

تبصره- هيأت رئيسه مجلس مي‌تواند طرحها و لوايحي را كه در حوزه مسائل مربوط به كميسيون ويژه تشخيص دهد به آن كميسيون ارجاع نمايد.

3) كميسيون تلفيق: به‏منظور تنظيم اصول و مفاد برنامه‏هاى توسعه و لوايح بودجه كل كشور و ايجاد هماهنگى بين كميسيون‏هاى تخصصى مجلس شوراى اسلامى، پس از تقديم لايحه مربوط توسط دولت به مجلس، كميسيون تلفيق مركب از؛ كليه اعضاى كميسيون برنامه و بودجه و محاسبات، دو‏نفر از هريك از كميسيون‏هاى ديگر (غيراز كميسيون‏هاى تحقيق و تدوين آيين‏نامه داخلى مجلس) اعضاى مذكور در بند (2) توسط كميسيون‏هاى مربوطه انتخاب و به هيأت رئيسه مجلس معرفى مى‏شوند. مأموريت اين كميسيون تا تصويب نهائى قانون برنامه توسعه و يا لايحه بودجه سالانه كل كشور ادامه مى‏يابد.

تبصره- كميسيون تلفيق با حضور اكثريت مطلق اعضاء رسميت مي‌يابد.

4) كميسيون تحقيق: به منظور بررسى اعتبارنامه‏هايى كه توسط شعب مورد تأييد قرار نگرفته و يا از سوى نمايندگان مورد اعتراض واقع شده است هر يك از شعب موظفند پس از تعيين هيأت رئيسه خود، بلافاصله دو نفر از اعضاى خود را كه آگاهى بيشترى به مسائل حقوقى داشته و از صلاحيت لازم برخوردار باشند به‏عنوان اعضاى اصلى و على‏البدل كميسيون تحقيق انتخاب نمايند و نتيجه را به هيأت رئيسه گزارش تا در جلسه علنى قرائت گردد.

5) كميسيون تدوين آيين‏نامه داخلى مجلس: هر شعبه يك نفر ديگر از اعضاي خود را كه واجد صلاحيت باشد براى تشكيل كميسيون تدوين آيين‏نامه داخلى مجلس معين و نتيجه را به مجلس گزارش خواهد كرد. اين كميسيون علاوه بر انجام وظايف مقرر در اين آيين‌نامه طرحهاى مربوط به اصلاح آيين‏نامه داخلى مجلس را رسيدگى كرده و نظر خود را به مجلس گزارش مى‏نمايد تا مطابق آيين‏نامه مورد بررسى قرار گيرد.

6) كميسيون اصل نودم (90) قانون اساسى: به منظور سامان دادن و كارآمد سازي مجلس و نمايندگان، خصوصاً نسبت به طرز كار قواي مجريه و قضائيه و مجلس مبتني بر اصول متعدد قانون اساسي بالاخص اصل نودم(90)، كميسيوني به نام اصل نودم(90) قانون اساسي تشكيل مي‌گردد تا طبق قوانين مصوب مربوط به خود اداره و انجام وظيفه نمايد. اعضاي اين كميسيون به شرح ذيل است:

از هركميسيون تخصصي يك‌نفر با معرفي كميسيون مربوطه و هشت نفر ازنمايندگان كه توسط رؤساي شعب و هيأت رئيسه به عنوان اعضاي ثابت انتخاب مي‌شوند

تبصره 1- رئيس كميسيون با پيشنهاد هيأت رئيسه مجلس از بين اعضاي ثابت كميسيون و با رأي مجلس براي مدت يكسال انتخاب مي‌گردد. تبصره 2- اعضاي ثابت كميسيون نبايد عضو كميسيون‌هاي تخصصي مجلس باشند.

كميسيون‏هاى تخصصى

هريك از كميسيون‏هاى تخصصى مجلس كه مطابق اين آيين‏نامه تشكيل مى‌گردند در محدوده تخصصى خود داراى وظايف و اختياراتى نظیر : بررسي‌طرحها و لوايح ارجاعي و گزارش‌آن به مجلس‌شوراي‌اسلامي، بررسي و تصويب آزمايشي طرحها و لوايح و همچنين تصويب دائمي اساسنامه سازمان‌ها، شركتها و مؤسسات دولتي يا وابسته به دولت طبق اصل هشتاد و پنجم (85) قانون اساسي، رسيدگي به درخواست‌هاي تحقيق و تفحص، رسيدگي به سؤال نمايندگان از رئيس جمهور و وزيران، بررسي موارد ارجاعي از لوايح برنامه توسعه و بودجه سالانه و گزارش آن به كميسيون تلفيق، كسب اطلاع از كم و كيف اداره امور كشور، دريافت و بررسي گزارش‌هاي عملكردي و نظارتي از اجراي قوانين مربوط به دستگاههاي ذي‌ربط، تهيه گزارش موردي و سالانه در خصوص امور اجرائي دستگاهها و نحوه اجراي قوانين به خصوص قانون برنامه توسعه و بودجه سالانه و ارائه نكات مثبت، منفي و پيشنهاد نحوه اصلاح آن و تقديم گزارش به مجلس جهت قرائت را بر عهده دارند.  

تبصره 1- كميسيون‌ها رأساً يا با تقاضاي حداقل ده نفر از نمايندگان مي‌توانند در موارد مهم و حساس و در مواجهه با تخلفات يا سوء مديريت، با دعوت از مسؤولان ذي‌ربط موضوع را بررسي نموده و گزارش آن را به هيأت رئيسه ارائه نمايند. درصورتي كه درخواست بررسي از سوي نمايندگان باشد حداكثر پنج نفر از آنها مي‌توانند در تهيه گزارش با كميسيون مشاركت نمايند. هيأت رئيسه مي‌تواند گزارش مذكور را در دستور كار مجلس قراردهد. در اين‌صورت سخنگوي كميسيون و نماينده دولت هركدام به ميزان پانزده دقيقه و شش‌نفر از نمايندگان به قيد قرعه از بين متقاضيان هركدام به ميزان پنج دقيقه، نظرات خود را بيان مي‌نمايند.

تبصره 2- پاسخ دولت راجع به گزارش‌هاى كميسيون‏هاى تخصصى در دستور كار مجلس قرار گرفته و قرائت خواهد شد. پس از آن حسب درخواست كميسيون‏هاى تخصصى، موضوع گزارش‌هاى ياد شده جهت بررسى به كميسيون اصل نودم (90) قانون اساسي ارسال و كميسيون مذكور نتايج بررسى خود را به مجلس ارائه خواهد كرد.

تبصره 3- كميسيون‏هاى تخصصى مجلس مى‏توانند به تعداد كافى مشاور ذى‏صلاح به ويژه از ميان نمايندگان ادوار گذشته كه در مسائل كميسيون صاحب تخصص و تجربه باشند از طريق هيأت رئيسه به خدمت بگيرند.

1) كميسيون آموزش و تحقيقات: كميسيون آموزش و تحقيقات براى انجام وظايف محوله در محدوده آموزش و پرورش عمومى، آموزش فنى و حرفه‏اى، آموزش عالى، تحقيقات و فناورى، مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.

2) كميسيون اجتماعي: كميسيون اجتماعى براى انجام وظايف محوله در محدوده امور ادارى و استخدامى، كار، اشتغال، روابط كار و تعاون مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.

3) كميسيون اقتصادي: كميسيون اقتصادى براى انجام وظايف محوله در محدوده اقتصاد و دارايى، بازرگانى داخلى، بازرگانى خارجى مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.

4) كميسيون امنيت ملي و سياست خارجي: كميسيون امنيت ملى و سياست خارجى براى انجام وظايف محوله در محدوده سياست و روابط خارجى، دفاع، اطلاعات و امنيت مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.

5) كميسيون انرژي: كميسيون انرژى براى انجام وظايف محوله درمحدوده نفت، گاز، برق، سدها و نيروگاههاى آبى و برقى، انرژى اتمى و انرژى‏هاى نو مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.

6) كميسيون برنامه و بودجه و محاسبات: كميسيون برنامه و بودجه و محاسبات براى انجام وظايف محوله در محدوده برنامه، بودجه، نظارت برنامه و بودجه و ديوان محاسبات و امور مالى مجلس و آمار و خدمات عمومى فنى مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.

تبصره- كميسيون برنامه و بودجه و محاسبات علاوه بر انجام وظايف تخصصى در ماده (49) واين ماده موظف است نسبت به امور: نظارت و مراقبت بر اجراى مقررات بودجه و امور مالى مجلس و نحوه هزينه كردن آن، رسيدگى به عملكرد بودجه سالانه مجلس و ارائه گزارش آن حداكثر تا پايان شهريورماه سال بعد. اين گزارش جهت اطلاع نمايندگان چاپ مى‏گردد، بازرسى و رسيدگى دقيق و نظارت درمورد كليه اموال و اشياء منقول و غيرمنقول مجلس شوراى اسلامى و ارائه گزارش سالانه جهت چاپ و توزيع بين نمايندگان اقدام نماید.

7) كميسيون بهداشت و درمان: كميسيون بهداشت و درمان براى انجام وظايف محوله در محدوده بهداشت، درمان، امداد، بهزيستى، تأمين اجتماعى و بيمه‏هاى اجتماعى و هلال احمر مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.

8) كميسيون شوراها و امور داخلي كشور: كميسيون شوراها و امورداخلي كشور براي انجام وظايف محوله در محدوده سياست داخلي، شوراها، امور غيرعمراني شهرداري‌ها و ثبت احوال مطابق ضوابط اين آيين‌نامه تشكيل مي‌شود.

9) كميسيون صنايع و معادن: كميسيون صنايع و معادن براى انجام وظايف محوله درمحدوده صنايع، پست، مخابرات، معادن، پتروشيمى، صنايع هوافضا و ارتباطات مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.

10) كميسيون عمران: كميسيون عمران براى انجام وظايف محوله در محدوده راه و ترابرى، مسكن، عمران شهرى و عمران روستايى و امور عمراني شهرداري‌ها و دهياري‌ها مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.

11) كميسيون فرهنگي: كميسيون فرهنگى براى انجام وظايف محوله در محدوده فرهنگ و هنر، ارشاد و تبليغات، صدا و سيما و ارتباطات جمعى، تربيت بدنى و جوانان و زنان و خانواده مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.

12) كميسيون قضائي و حقوقي: كميسيون قضائى و حقوقى براى انجام وظايف محوله درمحدوده قضائى و حقوقى مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.

13) كميسيون كشاورزي، آب و منابع طبيعي: كميسيون كشاورزى، آب و منابع طبيعى براى انجام وظايف محوله درمحدوده كشاورزى، منابع آب، دام و طيور، شيلات، محيط زيست و هواشناسى مطابق ضوابط اين آيين‏نامه تشكيل مى‏شود.